Dział Finansowo-Księgowy realizuje wszystkie zadania związane z gospodarką finansowo-księgową Muzeum zgodnie z obowiązującymi przepisami i zasadami. Prowadzi gospodarkę finansową analizując wykorzystanie środków przydzielonych z budżetu, środków pozabudżetowych i innych będących w dyspozycji Muzeum.
Prowadzi ewidencję księgową przy pomocy programu REWIZOR GT, a sprawy kadrowo-płacowe przy użyciu programu GRATYFIKANT GT.